Керівництвом Укрзалізниці 12.04.2013 було схвалено, затверджено і направлено для виконання і врахування в роботі рекомендовану організаційну структуру публічного акціонерного товариства «Українська залізниця», типову цільову організаційну структуру регіональної філії (залізниці), принципи формування організаційної структури виробничих філій та залежних товариств, що будуть утворюватися, розроблену на підставі звіту та рекомендації консалтингової компанії E&Y.
У проміжному звіті ТСК з питань перевірки АТ»УЗ» зазначено, що у 2013 році в рамках виконання державної Програми реформування міжнародною консалтинговою компанією «Ернст енд Янг Україна» було розроблено цільову організаційну структуру АТ»УЗ» (вартість роботи близько $1 млн), яка містила:
- комплексний опис організаційної структури АТ»УЗ» під час створення;
- заходи з управління її трансформацією на другому етапі реформ та детальний план її впровадження;
- актуалізовані та підготовлені до затвердження проекти положень основних структурних підрозділів;
- регламенти взаємодії з управління основними бізнес-процесами;
- КПЕ оцінки за результатами управлінської діяльності;
- принципи формування організаційної структури виробничих філій;
- принципи формування організаційної структури залежних товариств;
- утворення залежних товариств (зокрема 5 товариств з оперування рухомим складом).
На підставі рішення робочої комісії з реформування Державної адміністрації залізничного транспорту генеральним директором Укрзалізниці було (12.04.2013) схвалено і затверджено рекомендовану організаційну структуру публічного акціонерного товариства «Українська залізниця», типову цільову організаційну структуру регіональної філії (залізниці), принципи формування організаційної структури виробничих філій та залежних товариств, що будуть утворюватися.
Крім того, було вирішено використовувати схвалені документи під час утворення АТ»УЗ» та забезпечити їх впровадження у процесі подальших його трансформацій протягом першого року функціонування.